また、熟字訓と音読みで意味が異なる場合がある。「今日」は、「きょう」と読む場合はある特定の日(本日)を指し、「こんにち」と読む場合には特定の長い期間(最近)を指す。
日本の地名や人名には熟字訓であるものが少なからずある。その場合、「
大和(やまと)」や「
飛鳥(あすか)」のように熟字の語義と訓とがかなりかけ離れているものも多い。これは
律令制の整備に際し、日本の地名に中国風に漢字2字の名称をつけたとき、もとの和名からかけ離れた漢字熟語を用いたためであり、訓が語義を説明するものというよりも地名に対して漢風の漢字で表記したものと言える。「
近江」のように「ちかつあはうみ」から漢字がつけられていても、「おうみ」とだけ読むために元々の関係性が明確でなくなっているものも多い。