薩摩藩主の父
島津久光が主導した
文久の改革の一環として設けられた新職である。当時幕府の権威低下に伴い、京都には諸国から
尊王攘夷派の過激
志士らが集い、治安の悪化が懸念されていた。元来、江戸幕府においては
京都所司代・
京都町奉行が治安維持の任についていたが、尊攘派浪士などによる
天誅(要人暗殺)や商家への押し込み、強盗などの騒乱が横行し、所司代のみでは防ぎきれないと判断した幕府が、
京都市中の治安維持及び
御所・
二条城の警護などを担う役割として設置したものである。
会津藩主・
松平容保が
文久2年
閏8月1日(
1862年9月24日)に就任
[当初は京都守護職の定員は決まっておらず、島津久光も容保とともに任命された。容保は反対したが、幕府はあえて久光を任命。久光もこれを内諾していたが、京都および朝廷が尊王攘夷派に牛耳られる事態に失望し、文久3年4月16日守護職辞退の願書を提出した。佐々木克『幕末政治と薩摩藩』参照。]。本陣を
金戒光明寺(
京都市左京区黒谷町121)に置いた。原則的に藩兵1,000人が京都に常駐し1年おきに交替した。容保は初め
徳川慶喜・
松平春嶽からの再三の就任要請を断っていた。藩財政は既に
浦賀、
蝦夷地の警備の任にあったことで窮乏状態にあり、また、家臣も就任反対で意見が一致していた。しかし、春嶽が会津藩祖・
保科正之の「会津藩たるは将軍家を守護すべき存在」との家訓を引き合いに出したため、ついに承諾した。任を受けた君臣は会津藩
江戸藩邸にあって「これで会津藩は滅びる」と、肩を抱き合って慟哭したという。
京都守護職は京都所司代・京都町奉行・
見廻役を傘下に置き、見廻役配下で幕臣により結成された
京都見廻組も支配下となった。しかしながら京都所司代・京都町奉行はあまり役に立たなかった。また、会津藩士のみでは手が回りきらなかったため、守護職御預かりとして
新選組をその支配下に置き治安の維持に当たらせた。後元治元年(
1864年)には京都所司代に容保の実弟である
桑名藩主・
松平定敬が任命され、兄弟で京の治安を守る形となる。容保は文久3年末に
徳川慶喜(
一橋徳川家当主・将軍後見職)・島津久光らとともに朝廷参預を命ぜられるなど(詳細は
参預会議を参照)、孝明天皇の信任も篤かった。しかし参預会議は短期間で崩壊。江戸の幕閣から警戒された徳川慶喜は将軍後見職を辞して朝廷から
禁裏御守衛総督・摂海防禦指揮という新職に任命され、松平容保・定敬兄弟と連携して京都に幕府から独立した権力を築いた。一橋・会津・桑名の頭文字をとって「
一会桑」(あるいは橋会桑)という。
慶応3年(
1867年)10月に将軍となっていた徳川慶喜は
大政奉還で江戸幕府の支配を形式上終焉させる。しかし、将軍職は辞せず、京都守護職も残された。新政府を主導する
薩摩藩や
長州藩にとっては京都に大兵を擁する一会桑は脅威であったため、これらの解体を図る必要があり、
12月9日(
1868年1月3日)の
王政復古の大号令によって
摂関・
将軍など旧来の職が廃止されたことにともない、新政府が京都の支配権を確立したこともあって、京都守護職は設置後6年をもって廃止された。